حقیقت آن است که نظریه تکامل و منشاء گونه‌ها هنوز در حد فرضیه و نظریه هست و هیچ دلیل قطعی و یقینی برای اثبات آن وجود ندارد. لذا سؤالات و موارد مبهم بسیاری در این فرضیه به وجود می‌آید که هرکدام برای خود جایگاه ویژه‌ای داشته و قابل تأمل است و حتی بعضی از دلایل علمی را در رد این نظریه آورده اند که به بعضی از این دلایل اشاره می نمائیم:

الف ) شامپانزه ها تکامل یافته تر از انسان!!!

ژنتیکدان تکاملی، جیانزی زانگ و همکارانش در دانشگاه میشیگان درایالات متحده‌ی آمریکا، DNA انسان و شامپانزه و میمون رزوس را برای ۱۳۸۸۸ ژن با هم مقایسه کردند.

برای هر حرفDNA که در آن ژن‌های شامپانزه یا انسان با شکل نیایی مشترکمان تفاوت داشت(که از ژن متناظر در میمون‌های مک‌کاک استنباط شده بود)پژوهشگران در پی آن بودند که آیا آن تغییر به تولید پروتیین تغییر یافته‌ایمی‌انجامد. در ژن‌هایی که با انتخاب طبیعی انتقال یافته‌اند، نسبت جهش‌هایی که به پروتیین‌های تغییر یافته می‌انجامند، به طور نامعمول بالاست.

گروه زانگ دریافتند از نزدیک ۶ میلیون سال پیش که(گفته می شود) شامپانزه وانسان از نیای مشترکشان جدا شده اند، ۲۳۳ ژن شامپانزه و فقط ۱۴۵ ژن انسان با انتخابطبیعی تغییر کرده‌اند.

این یافته با آن چه بسیاری از زیست‌شناسان تکاملی می‌پنداشتند،متناقض است. زانگ می‌گوید: ما تمایل نداریم تفاوت‌های بین خودمان و نیای مشترکمان راساده‌تر از تفاوت‌های بین شامپانزه‌ها و آن نیای مشترک ببینیم.”

گزارش کامل این پژوهش در مجله‌یDOI: 10.1073/pnas.0701705104) PNAS) چاپ شده است.

(Holmes Bob, Chimps ‘more evolved’ than humans, New Scientist, 16 April 2007)

همانطور که خواندید دانشمندان از نظر علمی در یافتند که شامپانزه‌ها گونه‌های تکامل یافته‌تری نسبت به انسان هستند در صورتی که نظریه تکامل انسان را مو جودی تکامل یافته‌تر بیان می کند.

ب) تکامل نظریه ای اثبات نشده است
در سمیناری که در دانشگاه شیکاگو در زمینه مورفولوژی تکاملی برگزار شد، دانشمند برجسته‌، دکترپاترسون‌، سؤال ساده‌ای مطرح کرد:

آیا در اینجا کسی هست که بتواند در مورد تکامل‌،نکته‌ای قطعی و ثابت‌شده را عنوان کند؟ سکوتی طولانی بر فضای تالار حکمفرما شد. سرانجام شخصی از گوشه‌ای گفت‌: من یک چیز را با قطع و یقین می‌دانم‌: اینکه تکامل را نباید در مدارس تدریس کرد؟

با اینکه بسیاری از مردم عادی بر اینباورند که تکامل پدیده‌ای علمی و اثبات‌شده می‌باشد، واقعیت این است که بعد از گذشتبیش از ۱۵۰سال‌، تکامل فرضیه‌ای است اثبات‌نشده و بدون سندیت است‌. در واقع باید گفت که قرائنو شواهد بسیاری‌ تکامل را رد می‌کنند.

ج) فسیل‌ها تکامل را اثبات نمی‌کنند
فسیل‌ها گواه بر تکامل می‌باشند!؟ این ادعایی بوده که دانشمندان با صدایی بلند عنوان می‌کردند. اما مشکلی که در مورد فسیل‌ها وجود دارد، این است که میان حیواناتی که فسیل‌ها گواه بر وجود آنها هستند، و حیوانات هم نوعشان در عصر ما، هیچ فسیلِ میانی وجود ندارد،گویی حیوانات اولیه ناگهان به‌صورت حیوانات امروزی تحول و تکامل یافته‌اند. داروین نیز خود متوجه این نقصان در فرضیه خود بود، اما بر این باور بود که یک روز فسیل‌های میانی یافت خواهند شد. هنوز بعد از گذشت ۱۵۰ سال‌، فسیلی دال بر وجود حیوانات میانی و در حال تکامل یافت نشده است‌. .
دانشمندان معتقد به تکامل برای رفع این نقیصه‌، این نظر را مطرح کردند که تحول با چنان سرعتی رخ داد که فسیلی از آنها باقینمانده است‌. طبعاً دلیل و مدرکی علمی در این زمینه وجود ندارد.

د) هومولوژی‌” تکامل را اثبات نمی‌کند
هومولوژی نظریه‌ای است که معتقداست‌ ارگانیزم‌های زنده‌ای که از ساختاری همسان برخوردارند، از یک اصل واحد ناشی شده‌اند و به این ترتیب این نظریه‌، تکامل را اثبات می‌کند.
مشکل دراینجاست که نمونه‌های فراوانی با این نظریه تناقض دارند. به‌عنوان مثال‌، بافت کلیوی جانداران را در نظر بگیرید. کلیه‌های ماهی دارای شکل جنینی کاملاً متفاوتی باخزندگان و پستان‌داران می‌باشند. ممکن نیست که آنها از یک ساختار ناشی شده باشند. .
یا به دستگاه گوارش توجه کنیم‌. اگر همه جانداران از یک اصل ناشی شده‌اند،تکامل و تحول این دستگاه در جانداران مختلف نیز می‌بایست یکسان باشد. اما عکس اینصادق است‌. کوسه‌، قورباغه‌، خزندگان‌، و پرندگان‌، دارای دستگاه گوارشی‌ای هستندکه به‌گونه‌ای متفاوت تحول یافته‌اند. نمونه‌های بسیار دیگری می‌توان برای این امرآورد.

و) زائده‌ها تکامل را اثبات نمی‌کنند
تکامل‌گرایانبر این نظر پا می‌فشردند که بدن جانداران دارای اندام‌هایی است که امروز دیگرکاربردی ندارند. اندام‌هایی مثل آپاندیس و لایه‌های نیمه‌کروی در چشم زائده نامیدشده‌اند زیرا در زمان داروین تصور می‌شد که اینها بلامصرف می‌باشند. طبق این نظریه‌، این اندام‌ها در دوره‌های اولیه هستی کاربردی داشته‌اند، اما به‌تدریج که انسان خود را با محیط سازگار ساخت‌، کاربرد خود را از دست دادند. به‌عقیده این دسته از دانشمندان‌، آنها اکنون شاهدی هستند بر آنچه قبلاً بودیم‌.
باز در این مورد هم شواهد، علیه این نظریه هستند. تمام آنچه که زائده نامیده شده‌، امروز نیزکاربردی مفید دارند. آپاندیس در واقع غده‌ای است لنفاوی‌، و لایه نیمه‌کروی نیزهمچون یک قاشقک‌، اشیاء خارجی را از داخل چشم جمع‌آوری می‌کند. بسیاری از ماشنیده‌ایم که انسان قبلاً دُم داشته است‌. این حرف خنده‌دار است‌. ستون فقرات انساندارای ۳۳ مهره است‌. هیچ شاهدی بر این مدعا وجود ندارد که او قبلاً ۳۴ مهره داشته است‌. فردی به‌اسم هِکل بود که نظریه دم انسان را پیش نهاد؛ او بعدها توسط دانشگاه خودش محکوم به تقلب شد.زیست‌شناسی مولکولی بیش از سایر عوامل‌، تکامل رارد می‌کند!

ز) چیزی به‌نام شکل ساده حیات وجود ندارد
درروزگار داروین این عقیده رواج داشت که حیات از اَشکال ساده‌تر به‌سوی اشکال پیچیده‌تر حرکت می‌کند. علم امروزه ثابت کرده است که چیزی به‌نام { شکل ساده حیات‌} وجود ندارد. حتی ساده‌ترین سلول باکتری به‌گونه‌ای باورنکردنی پیچیده است‌. آنچه که سلول‌های ساده نامیده می‌شود، شاملDNA وRNA و پروتئین می‌باشد که به یکدیگر وابسته و مرتبط هستند. در واقع‌، تمام سیستم‌های بیوشیمیایی و فیزیولوژیکی به یکدیگر وابسته می‌باشند. لذا این تصور تکامل‌گرایان که اندام‌ها به‌گونه‌ای مستقل تحول می‌یابند، پذیرفتنی نیست‌.

مثلا؛ کک آبی از لحاظ پیچیدگی ژنتیکی روی دست انسان زده است! دانشمندان به تازگی دریافته اند که این موجود یک میلی متری بیشتر از هر موجود شناخته شده دیگری ژن دارد. در حالت کلی حدود ۳۱ هزار ژن در دی ان ای این کک وجود دارد . این در حالی است که انسان ها فقط از حدود ۲۳ هزار ژن برخوردارند. دافنیا ژولکس، یکی از انواع متداول کک آبی ، اولین سخت پوست است که از یک طرح نشانگر توالی شیمیایی که کد ژنتیکی یا ژنوم را می سازد ، برخوردار است. در نگاه اول ، دافنیا با بدن شفاف ، اندام دارای مفصل کاذب ، چشم مرکب و سیستم ساده عصبی و گردش خون، بسیار معمولی به نظر می رسد اما ژنوم این جاندار نه تنها بسیار بزرگ بوده بلکه سرشار از شگفتی است.(روزنامه جوان – یکشنبه ۲۴ بهمن ۱۳۸۹ شماره ۳۳۴۰ سال دوازدهم)

ص) آیا اَشکال میانی وجود دارد
نه فقط فسیل‌های میانی یافت نشده‌، بلکه زیست‌شناسی مولکولی نیز با قطعیت ثابت کرده که در سطح بیوشیمی نیز شکل میانی وجود ندارد. به‌این ترتیب‌، مثلاً پروتئین‌ها هیچگاه از یک مرحله تا مرحله دیگر تحول نمی‌یابند، بلکه همیشه از نوع تا نوع دیگر تحول پیدا می‌کنند. پروتئین‌ها از اسید آمینه درست شده‌اند. اگر آنها مانند مهره‌های رنگی در یک گردنبند تصور کنیم، طبق نظر تکامل‌گرایان‌، پروتئین وقتی به انواع پیشرفته‌تر تبدیل شود، باید مهره‌ای به این “گردنبند” پروتئین اضافه شود. بنابراین‌، باید طبعاً انتظار داشت که در جانداران پیشرفته‌تر، مهره‌های بیشتری بر گردنبند پروتئینی وجودداشته باشد. اما در عمل اینطور نیست‌.

مثلاً بیایید انسان را با دو نوع ماهی مقایسه کنیم (با توجه به اینکه ماهی در طرح تکاملی‌، پیش از انسان به‌وجود آمده است‌): ماهی بدون آرواره (که در سیر تکامل بسیار قدیمی‌تر است‌) و ماهی آرواره‌دار که جدیدتر است‌. با کمال تعجب می‌بینیم که پروتئین موجود در هموگلوبین انسان به پروتئین ماهی بدون آرواره بیشتر شبیه است تا به ماهی آرواره‌دار، در حالیکه طبق نظرتکامل‌گرایان می‌بایست عکس این باشد.

س) عدم قطعیت در اثبات شواهد
همه شواهدی که مخالفین تکامل در دست دارند، تکامل را رد می‌کند. اما هیچیک از شواهدی که طرف‌داران تکامل می‌کوشند ارائه دهند، قطعیت ندارد زیرا هیچگاه نمی‌توان آنها را در سیر طولانی تکامل اثبات کرد.

مثلاً نمی‌توان یک باکتری و یک ماهی را گرفت و گفت که آنها بهم راحل مختلف تکامل تعلق دارند، زیرا طبق نظر تکامل‌گرایان‌، حیات از ۳۰۰ میلیون سال پیش آغاز شده‌، و در این مدت هم باکتری تحول یافته و هم ماهی‌. هیچکس نمی‌تواندبگوید که باکتری ساده قبلاً چطور بوده‌، چون باکتری هم مانند ماهی تحول یافته است‌. این فرض که باکتری موجود ساده‌تری است‌، بی‌اساس است‌.

ط) نظم هرگز از بی‌نظمی ناشی نشده‌
طبق نظرتکامل‌گرایان‌، نظم از بی‌نظمی اولیه به‌وجود آمده است‌. این ادعا کاملاً برخلاف قانون دوم ترمودینامیک است که می‌گوید هر سیستمی به‌سوی بی‌نظمی و اضمحلال فزاینده پیش می‌رود. این اصطلاحات بسیار علمی می‌باشند، اما ما خودمان در زندگی روزمره شاهدآن هستیم‌. هیچ استثنای شناخته‌شده‌ای در مورد این قانون وجود ندارد. اماتکامل‌گرایان می‌کوشند تمام نظریه خود را بر یک استثناء استوار سازند.

ق) تصادفی استهزاءآمیز
فرضیه تکامل،پیدایی حیات را یک تصادف می‌داند. از نظر آماری پیدایی حیات در اثر تصادف امری محالاست‌. مثلاً در مورد پروتئینی که در هموگلوبین وجود دارد، این احتمال که اسیدهایآمینه به‌طرزی درست ترکیب شوند، ۱ در ۱۰ به توان ۱۶۷ می‌باشد، چیزی که از نظر ریاضی غیرممکن است‌. تازه این فقط در مورد پروتئین موجود در هموگلوبین است‌. کاهن اعظمِ تکامل‌، ریچارد داوکینز، خودش پذیرفته که "هر سلول شامل اطلاعات کدبندی‌شده دیجیتالی است که اطلاعات موجود در آن‌، بیشتر از مجموعه سی جلدی دائره‌المعارف بریتانیکا است‌."او این را می‌پذیرد، با این‌حال معتقد است که باید انتظار داشت که افراد هوشمند باور کنند که کتاب پرحجمی چون دائره‌المعارف بریتانیکا در اثر یک تصادف به‌وجود آمده باشد!

ف) آزمایشات انجام گرفته

درخصوص تکامل انسان آزمایش‌های جدیدی که صورت گرفته و شواهد علمی که پیدا گردیده است که نه تنها تکامل را در انسان تأیید نمی‌کنند، بلکه حتی آن را رد می‌نمایند ماننداینکه: چندی پیش رسانه‌های دنیا اخباری را منتشر نمودند مبنی بر اینکه دانشمندان علم ژنتیک سوئیس، به مقایسه DNAمیمون‌ها با انسان پرداختند که نتایج جالبی در پی داشت. این دانشمندان اعلام نمودند که شباهت قابل ملاحظه ای بین DNAانسان و میمون وجود ندارد و اگر میمون و انسان از یک جد مشترک می‌بودند باید شباهت بیشتری بین DNA آنها وجود می‌داشت.(خبر صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران)

تحقیقات صورت گرفته توسط دانشمندان لیست بلند بالایی از اختلافات میانDNA انسان با شمپانزه ها و سرنخ هایی از هرآنچه که دراین زمینه حیاتی و بسیار مهم است را فراهم کرده است.

غ) عدم ارتباط انسانهای نئوناندرتال با انسانهای امروزی

موضوع دیگر این است که باستان‌شناسان، اسکلت‌های نوعی انسان را پیدا نموده‌اند که حدود سی‌ هزار سال پیش زندگی می‌کردند که نام آن را «نئوناندرتال» گذاشته‌اند و دانشمندان تکاملی آنها را نیاکان انسان امروزی معرفی می نمودند. با پیشرفت های بیشتر علمی آنچه که دانشمندان را متعجب کرده این است که بین انسان امروزی و انسان نئوناندرتال، شباهت فامیلی از نظر ژنتیکی وجود ندارد و اینکه این انسان به طور مرموزی نابود شده است و اثری ازآنها باقی نمانده است. و تمام احتمالاتی که بعنوان نظریه بیان شده بود را تحت شعاع قرار داد. مثلاً اینکه آنها از نیاکان نسل امروزی هستند یا اینکه با نسل امروزی وصلت کرده و ممزوج شده‌اند. از طرفی هم این موضوع مطابق با نظر اسلام است که قدمت انسان امروزی را حدوداً هفت هزار سال بیان می‌کند و اینکه قبل از انسان امروزی نیز انسان‌های دیگری وجود داشته‌اند که با خلقتی جدا از انسان امروزی و همانند آدم و حوا خلق شده‌اند.

ج) سردر گمی دانشمندان معتقد به نظریه تکامل

دانشمندان معتقد به نظریه تکامل، ادعا می کنند : بیش از ۹۸ درصد DNAو ۹۹ درصد ژن‌های انسان‌ها و شامپانزه‌ها یکسان است. با این همه، این سوال پیش می آید که چرا ما و آن‌ها از نظر ظاهر و رفتار و غیره تفاوت زیادی با هم داریم.؟؟

خ) زیست‌شناسی دارای قانون نیست
هر چند داروین در کتاب منشأ انواع بیش از۱۰۶بار از قوانینی صحبت می‌کند که فرایندهای زیست‌شناختی خاصی را هدایت می‌کننداما از سال ۱۹۶۳ که اسمارت این ادعا را مطرح کرد که «زیست‌شناسی فاقد قانون است»،بحث‌های زیادی درباره وجود یا عدم وجود قوانین در زیست‌شناسی درگرفت. از دیدگاه اسمارت یک قانون طبیعت بایستی به لحاظ زمانی و مکانی فاقد محدودیت باشد و به هویات خاص ارجاع نداشته باشد. ازدیدگاه اسمارت هیچ تعمیمی در زیست‌شناسی واجد این شرایط نیست(تامسون۲۰۰۰ ‌ص۱۸ـ۱۷)مطابق این دیدگاه قوانین مندل، قانون هاردی واینبرگ، قانون انتخاب طبیعی و غیره قوانینی واقعی نیستند. نظریه تکامل داروین چارچوبى است که تنوع حیات بر روى زمین در آن درک مى شود. اما درکتاب «اصل انواع» داروین هیچ معادله اى نیست که بتوان با استفاده از آن گفت فلان گونه صد سال یا هزار سال دیگر به چه شکلى در خواهد آمد. زیست شناسى هنوز به آنجانرسیده است که بتواند با این دقت پیش بینى کند.( نشریه شرق . به نقل از سی پی اچ تئوری)